根据《博物馆条例》规定，国有博物馆应当向馆址所在地省、自治区、直辖市人民政府文物主管部门备案。江苏省中医药博物馆作为依托南京中医药大学建设的国有博物馆，自2011年12月经省政府常务会议研究决定立项以来，积极向上级主管部门报告建设推进情况。2022年5月18日试运行开馆后，博物馆严格从办馆场所、展厅陈列、库房建设、藏品管理、安全和消防设施配置等硬件条件，以及从业人员资质、办馆和运行经费保障、陈列展览方案、博物馆章程及管理制度等软件方面进行了充分准备和系统梳理，汇编形成《江苏省中医药博物馆备案材料》，于2022年10月向江苏省文物局提出备案申请。
2022年11月18日下午，在南京市文旅局博物馆处四级调研员叶长喜带队下，南京市博物总馆原总馆长、首席研究员曹志君，南京城墙保护管理中心二级研究员顾苏宁和南京市民俗博物馆副馆长徐丽组成的专家组对江苏省中医药博物馆进行了现场考察、论证与评估，我校属地管理部门栖霞区文化和旅游局副局长马文胤等也应邀出席。
论证会由图书馆、博物馆直属党支部书记王良金主持，胡立宏副校长致辞。
胡校长向与会专家、领导介绍了博物馆的筹建历程和目前的运行情况。博物馆以呈现中国中医药悠久历史、彰显江苏中医药特色成就、揭示南京中医药大学文化底蕴为布展思路，自试运行开馆以来，已累计接待观众2万余人次，讲解100余场次，除五个常设展览外，还举办了“大美中药入画来”“了不起的矿物药”“杏林清风廉政书画展”等专题展览，组织了“大手拉小手，博物启新知”、“博物致知”第二届中药辨识大赛、“博物澄思”大讲堂等丰富多彩的活动，同时走进中小学校开展中医药文化宣教展示等。博物馆现为全国中医药文化宣传教育基地、京津冀长三角珠三角博物馆联盟会员单位、江苏省博物馆学会理事单位、江苏省科普教育基地、南京“世界文学之都”网络地标等。
在刘洪副馆长的陪同下，专家们现场考察了各展厅陈列、库房配置、藏品帐册及管理情况等，结合审阅《备案材料》等档案资料，通过充分论证、全面评估，认为江苏省中医药博物馆作为自然科技类博物馆，基本陈列内容详实，展览主题突出，特色鲜明，展览内容契合度高，藏品来源合法，展览方式符合博物馆要求，一致同意江苏省中医药博物馆设立备案。同时与会专家也向我馆提出了宝贵的意见和建议：希望进一步提升展柜等硬件配置，不断加强专业人员队伍建设等。
截至目前，江苏省中医药博物馆是栖霞区第一家申请备案的高校博物馆，也是2015年3月《博物馆条例》施行后第二家申请备案的在宁高校博物馆和自然科技类博物馆。
